Záměrem Evropské unie je, aby ESI fondy maximálním možným způsobem přispěly k naplňování konceptu Evropa 2020 – Strategie pro inteligentní a udržitelný růst podporující začlenění. S ohledem na tuto strategii byly v Dohodě o partnerství pro programové období 2014-2020 definovány národní rozvojové priority. K jejich naplňování dochází díky jednotlivým programům, skrze které se čerpají prostředky z ESI fondů. Ty můžeme rozdělit na tematické programy, které jsou zaměřeny na specifické oblasti, a na programy Evropské územní spolupráce, při jejichž čerpání je nutná spolupráce překračující hranice jednoho členského státu.