Tento metodický pokyn se sestává ze tří hlavních částí – první část obsahuje obecná ustanovení, druhá část obsahuje úpravu výběrových řízení, třetí část upravuje kontrolu zadávacích a výběrových řízení.
Metodický pokyn je závazný pro všechny programy v rámci ESI fondů, které jsou zastřešeny Dohodou o partnerství a jejichž řídicí orgán je v kompetenci ČR, s výjimkou ustanovení, která jsou v tomto pokynu výslovně uváděna jako doporučující. Metodický pokyn byl vydán Ministerstvem pro místní rozvoj ČR dne 15. ledna 2014 na základě usnesení vlády ČR č. 44/2014 a nabývá účinnosti od 1. února 2014.
K 17. březnu 2014 byla vydána aktualizovaná verze metodického pokynu, která nabývá účinnosti od 1. dubna 2014. Aktualizace spočívala v úpravě názvů a označení článků příslušných nařízení EU v návaznosti na jejich schválení dne 17. prosince 2013 (nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 1299/2013 – č. 1306/2013).
Další aktualizovaná verze metodického pokynu byla vydána ke dni 24. 7. 2014 s tím, že nabývá účinnosti k 1. 10. 2014. V metodickém pokynu došlo k formální úpravě textu, zpřesnění vybraných formulací a ustanovení, byla upravena ustanovení pro povinnost příjemců řídit se stanovenými postupy a byla zpřesněna problematika stanovení finančních oprav.
K 20. březnu 2017 byla vydána aktualizovaná verze metodického pokynu, která nabývá účinnosti od 1. května 2017. Aktualizace spočívala v úpravě závaznosti metodického pokynu pro Program rozvoje venkova v návaznosti na usnesení vlády ČR č. 540/2015, v odstranění kapitol 3 a 4 (Vymezení používaných pojmů a Legislativní základ), které jsou součástí Metodiky řízení programů v programovém období 2014-2020 a v úpravě metodického pokynu s ohledem na novou právní úpravu dle zákona č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek, tj. zejména úprava týkající se stanovení předpokládané hodnoty zakázky, posouzení a hodnocení nabídek, uzavření smlouvy, změn závazků ze smlouvy a nového pojmosloví užívaného novým právním předpisem.
K metodickému pokynu bylo dne 8. července 2019 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 1, jehož předmětem je promítnutí Rozhodnutí Evropské komise C(2019) 3452 final vydaného dne 14. května 2019, kterým se stanoví a schvalují pokyny ke stanovení finančních oprav. Metodické stanovisko nabývá účinnosti dnem jeho vydání.
Dne 27. srpna 2019 bylo k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 2 ve věci zvýšení limitů pro zadávání veřejných zakázek malého rozsahu. Metodické stanovisko nabývá účinnosti dnem jeho vydání.
Dne 28. července 2020 bylo k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 3 ve věci rozšíření výjimky z povinnosti postupovat při zadávání zakázek dle postupů v metodickém pokynu rovněž na zákázky malého rozsahu na výdaje projektu financované jednou z forem zjednodušeného vykazování výdajů. Metodické stanovisko nabývá účinnosti dnem jeho vydání.
K metodickému pokynu bylo dne 17. října 2022 vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 4 ve věci úpravy vyhrazených změn závazku. Bylo zpracováno v návaznosti na aktuální situaci na trhu, kdy vzhledem k enormnímu nárůstu cen energie, nepředvídatelnému pohybu cen stavebních materiálů, růstu cen dalších komodit a s tím souvisejícímu vysokému nárůstu inflace, není často reálné splnit veřejnou zakázku za cenu, za niž byla původně dodavatelem získána. Metodické stanovisko nabývá účinnosti ke dni svého vydání.
Dne 26. února 2024 bylo k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 5, které sjednocuje text metodckého pokynu s textem Metodického pokynu pro oblast zadávání zakázek v programovém období 2021-2027 a zákona č. 166/2023 Sb., kterým byl novelizován zákon č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek. Metodické stanovisko nabývá účinnosti ke dni svého vydání.