Součástí NKR je také návrh propojení na unijní programy a způsob koordinace těchto aktivit na národní úrovni, které umožní efektivněji využívat unijní programy, než je tomu nyní. Zároveň NKR obsahuje návrh architektury ESIF, včetně základního vymezení operačních programů. Na základě nastavených priorit NKR bude připravena budoucí Dohoda o partnerství a zároveň i jednotlivé operační programy.