V prosinci 2012 Evropská komise navrhla vytvoření nového programu nadnárodní spolupráce pro období 2014-2020. Dunajský program zahrnuje Rakousko, Bosnu a Hercegovinu, Bulharsko, Chorvatsko, Českou republiku, Německo, Maďarsko, Moldavsko, Černou Horu, Rumunsko, Srbsko, Slovensko, Slovinsko, Ukrajina.
Příprava nového programu je vedena pracovní skupinou (Task Force) skládající se ze zástupců zemí účastnící se programu Dunaj. Task Force byla založena v únoru 2013 a od té doby se sešla čtyřikrát. Hlavním cílem je navrhnout programový dokument, který bude sloužit jako základní podklad pro implementaci nadnárodní spolupráce v regionu Dunaj. Task Force rozhoduje pomocí konsensu.
Geografické vymezení koresponduje s vymezením EU strategie Dunajský region přijaté v roce 2011. Makro-strategie a program nadnárodní spolupráce jsou dva různé nástroje vyvinuté pro podobné cíle, ale působí na různých úrovních a principech. Překrývající se území a cíle poskytují možnost spolupráce; kromě toho přispění k tematickým cílům strategie realizací příslušných projektů , může program také podpořit institucionální spolupráci zúčastněných subjektů a institucí v rámci strategie pro Podunají.
Tématické zaměření programu bude definováno v souladu s relevantní evropskou legislativou, národními prioritami států a potřebami programového území. Témata řešena v rámci jednotlivých priorit by měla zahrnovat většinu tradičních témat řešených nadnárodní spoluprací jako jsou inovace, doprava, životní prostředí atd.
Implementace programu bude koordinována z maďarské Budapešti. Implementační struktury programu jsou navrženy v novém uspořádání s přihlédnutím k potřebě zjednodušení postupů a principu nadnárodnosti jakožto hlavní zásady.