MP přípravy PD je závazný pro všechny programy v rámci ESIF, které jsou zastřešeny Dohodou o partnerství a jejichž řídící orgán je v kompetenci ČR s výjimkou ustanovení, která jsou v tomto pokynu výslovně uváděna jako doporučující. MP přípravy PD byl vydán Ministerstvem pro místní rozvoj ČR dne 29. května 2013 na základě usnesení vlády ČR č. 401 a nabyl účinnosti od 1. června 2013.
K 1. červenci 2013 došlo k aktualizaci tohoto metodického pokynu, konkrétně se jednalo o zpřesnění harmonogramu přípravy programů a zohlednění aktuálních návrhů legislativy a metodických dokumentů ze strany Evropské komise.
Další aktualizace byla provedena k 11. 11. 2013 a jednalo se především o úpravu kapitol týkajících se předběžných podmínek, hraničních oblastí a výkonnostní rezervy a dále pak zpřesnění harmonogramu přípravy programů a zohlednění aktuálních návrhů legislativy a metodických dokumentů ze strany Evropské komise.
Další aktualizace byla provedena k 1. 3. 2014 a jednalo se především o úpravu kapitol týkajících se partnerství při zpracování a implementaci programů, tematické koncentrace, předběžných podmínek, přezkumu výkonnosti a výkonnostní rezervy, synergií a komplementarit, a dále také zohlednění implementačního aktu k modelům pro přípravu operačních programů v rámci cíle Investice pro růst a zaměstnanost Zohledněn byl také vývoj v jednotlivých oblastech na národní úrovni.
K metodickému pokynu bylo s platností od 11. 12. 2015 a účinností od 1. 1. 2016 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 1 ve věci činnosti platformy pro přípravu výzev.
Další aktualizace byla provedena k 22. 3. 2016 s účinností od 1. 5. 2016. V rámci této aktualizace nedošlo k přidání žádných dodatečných povinností pro řídicí orgány. Aktualizace spočívala především v úpravě závaznosti metodického pokynu pro Program rozvoje venkova v návaznosti na usnesení vlády ČR č. 540/2015, redukci metodického pokynu v souvislosti se schválením všech programů a jednotného metodického prostředí, aktualiaci kapitoly 5 Systém přípravy programů dle metodického stanoviska a současné fáze implementace, doplnění platnosti části kapitoly 5 Systém přípravy programů pro INTERREG V-A Česká republika – Polsko, aktualizaci definic a pojmů, aktualizace a redukci kapitoly 6 Procesy a mechanismy související s přípravou programů ve vazbě na pokrytí problematiky v samostatných metodických dokumentech v rámci jednotného metodického prostředí, úpravě kapitoly 7 Struktura a obsah operačního programu spočívající v odstranění staré šablony a doplnění odkazu na prováděcí nařízení č. 288/2014 a v samostatném uvedení povinností nad rámec šablony nastavené na národní úrovni.