Fondy EU neposkytují pouze dotace. Nabízejí také finanční nástroje coby moderní a efektivní způsob, jak získat podporu z evropského rozpočtu. Finanční nástroje mají nejčastěji podobu úvěrů, záruk a kapitálových vstupů, které podporují ekonomicky životaschopné projekty.
Oproti dotacím mají finanční nástroje pro příjemce podpory řadu výhod. Zejména jsou méně náročné na administraci a vyřízení žádosti je rychlejší. Podporu pomocí finančních nástrojů lze za určitých podmínek kombinovat i s finančním příspěvkem, případně dotacemi.
Stát coby dobrý hospodář (prostřednictvím tzv. poskytovatelů) nabízí podporu v podobě finančních nástrojů, protože po vrácení příjemcem je možné finanční prostředky znovu použít a podpořit tak více projektů. Díky podpoře z veřejných zdrojů projekty snáze získají financování i ze soukromých zdrojů.