Cílem JNR je připravit takový soubor pravidel, který přispěje k efektivnímu systému podpory z EU fondů v období 2021-2027 a který se zaměří na problematické oblasti systému implementace identifikované v rámci programového období 2014-2020. Zásadní důraz je kladen na zajištění kontinuity a tím stability celého systému v procesech, kde je to odůvodněné (požadavky EU a národní legislativy, zjednodušení pro příjemce apod.).
Jako zcela zásadní vnímá MMR-NOK nastavení jasných, srozumitelných a předvídatelných pravidel v předem identifikovaných oblastech. Tato pravidla budou připravována na základě široké diskuse s řídicími orgány, Ministerstvem financí, se subjekty zastupujícími žadatele a příjemce a s dalšími partnery z řad odborné veřejnosti.