Metodický pokyn pro výkon účetní funkce 2021-2027 stanovuje závazné postupy pro řídicí orgány a pro ministerstvo financí (Auditní a Platební orgán) pro přípravu a odesílání žádostí o platbu Evropské komisi a účtů. Metodický pokyn pro výkon účetní funkce 2021-2027 je nástupcem Metodického pokynu certifikace výdajů pro programové období 2014-2020.