Metodický pokyn byl vydán dne 23. srpna 2021 v souladu se zákonem č. 248/2000 Sb., o podpoře regionálního rozvoje, ve znění pozdějších předpisů, a dále usnesením vlády ČR ze dne 29. dubna 2019 č. 284 o Jednotném národním rámci pravidel a postupů v rámci Evropského fondu pro regionální rozvoj, Evropského sociálního fondu+, Fondu soudržnosti a Evropského námořního a rybářského fondu v programovém období 2021-2027. Účinnost metodického pokynu je od 1. listopadu 2021.
Dne 17. října 2022 byla vydána aktualizovaná verze metodického pokynu, a to s účinností od 1. listopadu 2022. Předmětem aktualizace bylo několik úprav např. upřesnění způsobilosti výdajů vyplývajících ze změn smluv/závazků podle § 222 zákona č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek; specifikace okamžiku vzniku nezpůsobilosti DPH v případě změny daňového statutu příjemce nebo promítnutí změny ve způsobu zpracování bližších informací ke zjednodušeným metodám vykazování. Dále byly provedeny další dílčí změny za účelem upřesnění/doplnění textu.
Dne 15. února 2023 bylo k metodickému pokynu vydáno metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 1 ve věci změny v přístupu posuzování způsobilosti DPH. Metodické stanovisko bylo vydáno s okamžitou účinností.
Dne 4. července 2024 byla vydána aktualizovaná verze metodického pokynu, která zohledňuje zejména změny vyplývající z podnětů řídicích orgánů, změny legislativy např. novely zákoníku práce či nového Stavebního zákona č. 283/2021 Sb., a vybraných odpovědí z přehledu otázek a odpovědí Evropské komise k obecnému nařízení a specifickým nařízením k fondům publikovaný v RegioWiki. Do verze 3 metodického pokynu bylo rovněž promítnuto metodické stanovisko č. 1 týkající se způsobilosti DPH. Účinnost aktualizované verze byla stanovena od 15. července 2024.