Metodický pokyn byl vydán dne 16. prosince 2021 v souladu se zákonem č. 248/2000 Sb., o podpoře regionálního rozvoje, ve znění pozdějších předpisů, a dále usnesením vlády ČR ze dne 29. dubna 2019 č. 284 o Jednotném národním rámci pravidel a postupů v rámci Evropského fondu pro regionální rozvoj, Evropského sociálního fondu+, Fondu soudržnosti a Evropského námořního a rybářského fondu v programovém období 2021-2027. Účinnost metodického pokynu je od 1. března 2022.
Dne 21. července 2022 byla vydána aktualizovaná verze Metodického pokynu společných procesů implementace fondů EU. Důvodem je především v části monitorování zpřesnění a doplnění pravidel či výjimek monitorování v oblasti finančního řízení, výkonnostního rámce, kategorií intervencí a typů intervencí, horizontálních principů, projektů, administrativní kapacity a také zpřesnění nastavení zpráv o implementaci na úrovni Dohody o partnerství, programů (předávání údajů dle čl. 42 obecného nařízení) a projektů. V části řízení rizik byla doplněna kapitola koordinace reakcí na prováděné audity a ostatní vybranou komunikaci s EK, kde jsou stanoveny role jednotlivých subjektů, které jsou do této činnosti zapojeny. Dílčí úpravy proběhly také v části monitorování veřejné podpory a části řídicí dokumentace, ve které proběhla právě úprava přílohy č. 6 – Vzorový statut a jednací řád monitorovacího výboru. Současně také bylo upřesněno, že celý metodický pokyn má doporučující charakter pro programy v cíli Evropská územní spolupráce. MP společných procesů vstupuje v platnost dne 21. července 2022, a nabývá účinnosti dne 1. září 2022, a to z důvodu zajištění souladu metodického prostředí a nastavení monitorovacího systému MS2021+, s výjimkou kapitoly 4.3.6 „Horizontální principy“, jež vstupuje v účinnost dne 21. července 2022.
K metodickému pokynu bylo dne 29. června 2023 vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 1 ve věci doplnění kapitoly týkající se Základních podmínek a úpravy pravidel a postupů pro provádění změn programů. Účinnost metodického stanoviska byla stanovena od 1. srpna 2023.
Dne 26. února 2024 byla vydána verze 3 metodického pokynu s účinností od 1. května 2024. Aktualizovaná verze pokynu upřesňuje pravidla finančního řízení s ohledem na skutečnost, že všechny řídicí orgány uvádí alokaci programu pro rok 2021 jako nulovou, dále zavádí pojem „dodatečné předběžné platby“, doplňuje atributy projektů ve vazbě na povinnosti vyplývající z přílohy XVII obecného nařízení, upravuje termín pro zpracování predikcí čerpání pro klíčové stavy čerpání finančních prostředků, zpřesňuje obsah Roční zprávy o administrativní kapacitě, zpřesňuje postup pro revize programu s dopadem na očekávané výsledky Dohody o partnerství a dochází také k zapracování Metodického stanoviska č. 1.
Dne 3. února 2025 bylo k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 2, jež zavádí nové atributy pro výzvy a operace, které umožňují realizaci financování nesouvisející s náklady jako specifické formy poskytování podpory z fondů EU. Účinnost metodického stanoviska byla stanovena ke dni vydání.
K metodickému pokynu bylo dne 26. února 2025 vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 3, jehož účinnost byla stanovena ke dni vydání. Předmětem metodického stanoviska je zrušení termínu pro vydání Výroční zprávy o implementaci Dohody o Partnerství v roce 2025, tj. za sledované období 1. 1. 2024 – 31. 12. 2024 z důvodu souběhu s přezkumem v polovině programového období 2021-2027.