Prostřednictvím Modernizačního fondu se využijí rovněž výnosy z povolenek podle čl. 10c odst. 4 směrnice 2003/87/ES (tzv. derogační povolenky) a 50 % výnosů z povolenek podle čl. 10 odst. 2 písm. b) směrnice 2003/87/ES (tzv. solidární povolenky). Prostředky jsou příjmem Státního fondu životního prostředí ČR. Dotace z Modernizačního fondu jsou postupně rozdělovány v 8 programech. Podpora míří na celou řadu energeticky úsporných opatření – od modernizace technologií v průmyslu a energetice, výstavbu fotovoltaických či větrných elektráren, přes energetické úspory v budovách až po modernizaci veřejného osvětlení nebo pořízení elektrobusů.