Systém tvořený 24 operačními programy, který se záhy začal ukazovat jako mimořádně administrativně složitý a zatěžující, vznikl za vlády ČSSD.
Čerpání pro období 2007—2013 nemohlo začít k 1. lednu 2007, protože tehdejší vláda nebyla schopna dojednat v Bruselu tzv. Národní strategický referenční rámec. Ten byl vyjednán až vládou současnou.
Tvrzení ČSSD, že ČR čerpá v současnosti evropské dotace se zpožděním, je neopodstatněné. "Jsem přesvědčen, že tuto skutečnost předseda ČSSD Jiří Paroubek jako bývalý ministr pro místní rozvoj a předseda vlády dobře ví," prohlásil Cyril Svoboda. Česko má již schváleno více než 4000 projektů za 140 miliard korun. Nutno zdůraznit, že o peníze je třeba nejprve požádat, avšak zájemci je dostanou zpětně až po realizaci projektů a jejich důkladném auditu a certifikaci, což většinou trvá několik měsíců.
Programy SROP a JPD 2 byly sice určeny pro programovací období 2004—2006, nicméně tvrzení Jiřího Paroubka, že prostředky z uvedených programů byly vyčerpány díky aktivitě vlády ČSSD jsou zavádějící. Jiří Paroubek totiž opomněl uvést, že koncem roku 2006 sice skončilo faktické podávání projektů, avšak v následujících dvou letech bylo nutné dovést do zdárného konce proces administrace a certifikace projektů tak, aby bylo vůbec možné finanční prostředky z EU reálně vyplatit. Navíc byla Bruselem České republice nabídnuta možnost prodloužení lhůty na dočerpání peněz z předchozího programovacího období až do konce června letošního roku. Díky tomu dojde k téměř úplnému vyčerpání všech prostředků určených pro Česko na období 2004—2006 (ke konci roku 2008 vyčerpáno již 92 % alokace).
"Z těchto důvodů jsem osobně navrhl Jiřímu Paroubkovi, abychom společně oslovili občany ČR a informovali je o čerpání prostředků z EU. Tak by se jasně potvrdilo, že informace MMR jsou přesné a pravdivé," dodal ministr Svoboda.