Pracovní skupina NOK slouží zejména k pravidelné, vzájemné výměně informací ve všech aspektech implementace, dále se zde projednávají změny ve vydaných metodických pokynech a doporučeních NOK, stejně jako změny evropské legislativy či události na úrovni EK a členských států. PS NOK je tedy základním instrumentem komunikace mezi NOK a ŘO a zastřešuje všechny ostatní, specializované pracovní skupiny.
Národní orgán pro koordinaci svolává PS NOK dle potřeby (zpravidla měsíčně).
PS NOK je složena ze zástupců NOK, spolupracujících odborů MMR, zástupců všech řídících orgánů, zástupců PCO, zástupců AO na úrovni vedoucích pracovníků (tj. na úrovni ředitelů). Jednání Pracovní skupiny se mohou účastnit i další zástupci subjektů, které jsou zapojeny do procesu implementace, taktéž experti na problematiku.