Tento metodický pokyn vydaný Ministerstvem financí, s účinností od 1. června 2015.
Verze 3 metodického pokynu byla vydána Ministerstvem financí s účinností od 1. září 2017.
Aktualizovaná verze 4 metodického pokynu byla vydána Ministerstvem financí 21. září 2018 s účinností od 1. listopadu 2018.
Dne 11. března 2019 vydalo Ministerstvo financí k metodickému pokynu Metodické stanovisko č. 1 ve věci úpravy období, za které se provádí poslední řádná certifikace výdajů v účetním roce. Účinnost metodického stanoviska je od 1. dubna 2019.
Dne 10. září 2019 vydalo Ministerstvo financí 5. verzi metodického pokynu, které je účinná od 1. listopadu 2019. Dne 15. listopadu 2019 bylo v návaznosti na aktualizaci právních předpisů EU k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko č. 2. Metodické stanovisko upravující Formulář A (příloha) bylo vydáno s okamžitou účinností.
Dne 26. srpna 2020 vydalo Ministerstvo financí v návaznosti na epidemii Covid-19 Metodické stanovisko č. 3, jímž rozšiřuje důvody pro dočasné vyjmutí výdajů u účtů, u kterých ještě probíhá posouzení jejich zákonnosti a správnosti ve smyslu čl. 137 odst. 2 Obecného nařízení. Účinnost metodického stanoviska je od 1. října 2020.
Dne 21. dubna 2022 vydalo Ministerstvo financí aktualizovanou verzi Pokynu s účinností od 1. května 2022.
Dne 9. května 2023 vydalo Ministerstvo financí aktualizovanou verzi Pokynu s účinností od 1. července 2023.
Ministerstvo financí vydalo dne 14. 3. 2024 aktualizovanou verzi metodického pokynu s účinností od 1. 4. 2024. Aktualizace zohledňuje možnost prodloužit termíny pro odeslání konečné žádosti o průběžnou platbu a účtů za účetní rok 2023/2024 až o 12 měsíců dle nařízení Evropské parlamentu a Rady (EU) 2024/795 ze dne 29. února 2024, kterým se zřizuje Platforma strategických technologií pro Evropu (STEP).