Metodický pokyn je jedním ze souboru metodických dokumentů vypracovaných pro programové období 2014 – 2020 a v souladu s koncepcí jednotného metodického prostředí odkazuje na úpravu dalších metodických dokumentů pro programové období 2014 až 2020. S ohledem na specifičnost jednotlivých operačních programů je metodický pokyn zpracován v obecné rovině a obsahuje základní pravidla pro nastavení řídicího a kontrolního systému řídicího orgánu a pravidla pro výkon kontrol operací, které řídicí orgán vykonává u zprostředkujícího subjektu, žadatele/příjemce veřejné finanční podpory. S cílem hájit finanční zájmy EU a ČR je v metodickém pokynu rovněž věnována pozornost prevenci vzniku nesrovnalostí a jejich odhalování.
Vláda schválila Metodický pokyn 27. října 2014 Usnesením vlády České republiky č. 867/2015.
Tento metodický pokyn vydaný Ministerstvem financí je k dispozici na následující adrese:
http://www.mfcr.cz/cs/legislativa/metodiky/2014/metodicky-pokyn-pro-vykon-kontrol-v-odpo-19720
Dosud poslední aktualizovaná verze metodického pokynu byla vydána dne 6. února 2018 Metodickým dopisem Ministerstva financí s účinností od 1. dubna 2018.
S účinností od 1. července 2020 vydalo ministerstvo financí Metodické stanovisko č. 1, které upravuje postupy k evidenci kontrolních listů k veřejným zakázkám v IS MS 2014+, vyplňování formuláře Závěry kontroly v IS MS 2014+, kontroly finančních nástrojů a upravuje kategorie a podkategorie zjištění u kontrol.