Gestorem metodického pokynu je Centrální harmonizační jednotka Ministerstva financí, a to s ohledem na § 7 odst. 1 zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů.
Metodický pokyn, verze 1.0, byla vydána a nabývá účinnosti dne 1. 1. 2021.
V návaznosti na vydaný metodický pokyn vydalo ministerstvo financí doporučující příručku dobré praxe, která přináší věcný pohled na používané postupy a na to, jak je lze efektivně naplňovat.
Ministerstvo financí vydalo s účinností od 15. 11. 2021 Metodické stanovisko č. 1 k Metodickému pokynu CHJ č. 13 Kontrola finančních prostředků poskytovaných z EU fondů pro programové období 2021-2027. Toto Metodické stanovisko reaguje na novelu zákona č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek, která nabyla účinnosti k 1. 1. 2021. V této souvislosti upravuje přílohu č. 2 metodického pokynu CHJ č. 13, kontrolní otázky k veřejným zakázkám. Dále metodické stanovisko reaguje na schválení Nařízení Evropského parlamentu a Rady č. 2021/1060 ze dne 24. 6. 2021. V této souvislosti Ministerstvo financí vydalo aktualizovaný Metodický pokyn CHJ č. 13 Kontrola finančních prostředků poskytovaných z EU fondů pro programové období 2021-2027 ve verzi 1.1, ve znění Metodického stanoviska č. 1, který je účinný od 15. 11. 2021.
Dne 21. prosince 2023 bylo k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko č. 2, které je účinné od 1. března 2024. Předmětem stanoviska je zéjména aktualizace přílohy č. 2 „Kontrolní otázky k veřejným zakázkám“ v návaznosti na zákon č. 240/2022 Sb., kterým se mění zákon č. 69/2006, o provádění mezinárodních sankcí, ve znění pozdějších předpisů, a další zákony, účinný od 1. 9. 2022, a zákon č. 166/2023 Sb., kterým se mění zákon č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek ve znění pozdějších předpisů, účinný od 16. 7. 2023.