Programy pro programové období 2014–2020 byly vymezeny usnesením vlády ČR č. 867 ze dne 28. listopadu 2012. Jedná se o následující programy:
Národní operační programy
Alokace ESI fondů mezi programy v období 2014-2020
- Operační program Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost, řízený Ministerstvem průmyslu a obchodu;
- Operační program Výzkum, vývoj a vzdělávání, řízený Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy;
- Operační program Zaměstnanost, řízený Ministerstvem práce a sociálních věcí;
- Operační program Doprava, řízený Ministerstvem dopravy;
- Operační program Životní prostředí, řízený Ministerstvem životního prostředí;
- Integrovaný regionální operační program, řízený Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Operační program Praha - pól růstu ČR, řízený Magistrátem hlavního města Prahy;
- Operační program Technická pomoc, řízený Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Operační program Rybářství 2014-2020, řízený Ministerstvem zemědělství;
- Program rozvoje venkova, řízený Ministerstvem zemědělství;
Programy přeshraniční spolupráce
- Interreg V-A Česká republika - Polsko, řízený Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Interreg V-A Slovenská republika - Česká republika, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Interreg V-A Rakousko - Česká republika, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Program přeshraniční spolupráce Česká republika - Svobodný stát Bavorsko Cíl EÚS 2014-2020, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Program spolupráce Svobodný stát Sasko - Česká republika 2014-2020, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj;
Programy nadnárodní a meziregionální spolupráce
- Program nadárodní spolupráce Interreg CENTRAL EUROPE, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj;
- Program nadnárodní spolupráce Interreg DANUBE, koordinovaný na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj (schválen dodatečně usnesením vlády ČR č. 447 ze dne 12. června 2013);
- Program meziregionální spolupráce INTERREG EUROPE, koordinované na území České republiky Ministerstvem pro místní rozvoj.
- Program meziregionální spolupráce ESPON 2020
- Program meziregionální spolupráce INTERACT III
- Program URBACT III
Programy byly vymezeny v návaznosti na 8 tematických okruhů stanovených na národní úrovni, které představují „převodník“ mezi úrovní národních rozvojových priorit a cílů a prioritních os jednotlivých programů. Tyto okruhy se opírají o řádně zdůvodněné problémové analýzy zpracované resorty, kraji a zástupci měst a obcí a byly podrobeny dlouhé, důkladné a detailní debatě a systematickému ověřování potřeb ze strany partnerů.
Programy jsou připravovány v gesci příslušných resortů a projednávány s relevantními partnery regionálními, lokálními, hospodářskými i sociálními a také se zástupci neziskového sektoru. Koordinací přípravy programových dokumentů jak na úrovni ČR, tak i EU bylo usnesením vlády č. 650 ze dne 31. srpna 2011 pověřeno Ministerstvo pro místní rozvoj ČR.