Tento metodický pokyn vydaný Ministerstvem financí je k dispozici také na následující adrese:
http://www.mfcr.cz/cs/legislativa/metodiky/2014/metodicky-pokyn-financnich-toku-programu-19506
Verze 2 metodického pokynu byla vydána Ministerstvem financí s účinností od 1. 11. 2015. K dispozici je také na následující adrese:
http://www.mfcr.cz/cs/legislativa/metodiky/2015/metodicky-pokyn-financnich-toku-programu-22791
K metodickému pokynu byl dále dne 18. 8. 2016 vydán Metodický dopis ve věci rozkrývání vlastnické struktury žadatelů/příjemců dotací.
Verze 3 metodického pokynu byla vydána Ministerstvem financí s účinností od 1. 1. 2017. K dispozici je také na následující adrese:
http://www.mfcr.cz/cs/legislativa/metodiky/2016/metodicky-pokyn-financnich-toku-programu-26659
Poslední aktualizovaná verze byla vydána Ministerstvem financí s účinností od 1. 11. 2018. K dispozici je také na následující adrese:
http://www.mfcr.cz/cs/legislativa/metodiky/2018/metodicky-pokyn-financnich-toku-programu-32694
S účinností od 23. října 2020 vydalo Ministerstvo financí k metodickému pokynu Metodické stanovisko č. 1. Předmětem metodického stanoviska je úprava postupů řešení nesrovnalostí v návaznosti na aktualizaci Pokynů pro členské státy k odejmutým částkám, částkám získaným zpět, částkám, které mají být získány zpět, a částkám, které nelze získat zpět (EGESIF_15_0017-04). Dále se upravují postupy řešení nesrovnalostí v důsledku zásahu vyšší moci, a to především s ohledem na předpokládaný výskyt porušení podmínek dotace ze strany příjemců z důvodu mimořádné situace vyvolané epidemií nemoci COVID-19.
Ministerstvo financí vydalo metodické stanovisko č. 2, které zapracovává především proběhlé legislativní změny na úrovni práva EU i práva ČR. Tímto metodickým stanoviskem dochází k úpravě některých ustanovení s účinností od 13. 10. 2021 a u vybraných ustanovení s účinností od 1. 1. 2022. Ministerstvo financí následně vydalo konsolidovanou verzi metodického pokynu, která zahrnuje změny provedené metodickým stanoviskem č. 1 a metodickým stanoviskem č. 2.
Ministerstvo financí vydalo metodické stanovisko č. 3 s účinností od 1. 9. 2022. Tímto metodickým stanoviskem dochází k upřesnění postupů v souvislosti s prováděním finančních oprav při uzavírání operačních programů.
Dne 21. 3. 2024 byla k metodickému pokynu vydáná metodická stanoviska č. 4 a 5, s účinností od 1. 4. 2024.
Metodickým stanoviskem č. 4 dochází k upřesnění zdrojů, které je možné využít na úhradu přezávazkovaných výdajů a dále obsahuje úpravu týkající se předávání informací k trestním nesrovnalostem. Metodické stanovisko č. 5 reaguje na nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) 2024/795 ze dne 29. února 2024, kterým se zřizuje Platforma strategických technologií pro Evropu (STEP), na základě kterého je možné prodloužit termíny pro odeslání konečné žádosti o průběžnou platbu a účtů v účetním roce 2023/2024 až o 12 měsíců a zároveň je umožněno odeslat další žádosti o průběžné platby do Evropské komise za horizont 31. července 2024.