Metodický pokyn byl vydán Ministerstvem pro místní rozvoj ČR dne 20. listopadu 2013 na základě usnesení vlády ČR č. 873 a nabývá účinnosti od 1. února 2014.
Dosud poslední aktualizovaná verze metodického pokynu byla vydána ke dni 27. listopadu 2017 s tím, že nabývá účinnosti k 1. lednu 2018. Provedená aktualizace spočívá především v zapracování metodických stanovisek č. 4, 5 a 6, upřesnění, jaké projekty je možné podávat v rámci synergických/komplementárních výzev, zkrácení šesti měsíční lhůty pro zadání průběžné výzvy do harmonogramu výzev, a to na 3 měsíce před zahájením příjmu žádostí o podporu, doplnění povinných položek do obsahu výzev týkajících se dalších náležitostí žádosti o podporu, rozpracování postupu odstranění vad žádosti u napravitelných/nenapravitelných kritérií ze strany žadatele v rámci kontroly přijatelnosti a formálních náležitostí, upřesnění, za jakých podmínek nemusí být nasazen arbitr, úpravě fáze závěrečného ověření způsobilosti, která je relevantní pro CLLD a ITI, doplnění povinnosti pro OP VVV, IROP a OP PIK respektovat při výběr projektů závazné stanovisko ITI, upřesnění způsobu podání a možnosti využití žádosti o přezkum, ve stanovení podmínek pro představení projektu žadatelem před hodnoticí komisí a upřesnění postupů pro výzvy MAS.
Dne 27. září 2018 bylo vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 7 k Metodickému pokynu řízení výzev, hodnocení a výběr projektu, ve věci upřesnění výjimek z povinnosti hodnocení členů hodnoticí komise, a to s účinností od 1. listopadu 2018.
K Metodickému pokynu řízení výzev, hodnocení a výběr projektu bylo dne 20. února 2019 s okamžitou účinností vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 8 ve věci rozšíření výjimek z povinnosti zpracování analýzy nákladů a přínosů (CBA) a úpravy výzev MAS.
Dne 4. prosince 2019 bylo k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 9 ve věci úpravy velikosti vzorku projektů vybraných MAS. Účinnost metodického stanoviska je 10. prosince 2019.
K metodickému pokynu bylo dne 22. prosince 2020 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 10 ve věci doplnění postupů pro ověřování způsobilosti žadatelů z hlediska omezení vyplývajících ze zákona o střetu zájmů. Metodické stanovisko nabývá účinnosti od 1. února 2021.
Dne 9. prosince 2021 vstoupilo v platnost a účinnost Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 11, jehož cílem je umožnit řídicím orgánům upravit výzvu a navazující dokumentaci také pro průběžné výzvy, v rámci nichž již byly podány žádosti o poskytnutí dotace, o kterých dosud nebylo rozhodnuto, v případech, kdy se text výzvy dostane do rozporu s legislativou České republiky či Evropské unie.