Pro Českou republiku byly vyčleněny prostředky ve výši téměř 24 miliard eur. Její zpracování je povinné pro každý členský stát EU a vyplývá z čl. 14 tzv. obecného nařízení (nařízení Evropského parlamentu a Rady č. 1303/2013 ze dne 17. prosince 2013).
Dohoda o partnerství analyzuje na základě evropských, národních i regionálních strategických dokumentů současnou socioekonomickou situaci České republiky, zdejší disparity, rozvojové potřeby a potenciál. Definuje priority a očekávané výsledky pro celé programové období. Tato analýza je klíčovým ukazatelem, kam bude směřována podpora z ESI fondů. Součástí Dohody o partnerství jsou mimo jiné i základní implementační opatření či popis integrovaných přístupů. Nedílným obsahem dokumentu je i příloha k naplňování předběžných podmínek, což je soubor opatření, která musí být splněna, aby Česká republika mohla čerpat finanční prostředky z ESI fondů.
Dohoda o partnerství je vzhledem ke svému charakteru zastřešujícího strategického dokumentu pro programové období 2014–2020 určující a svým obsahem závazná i pro jednotlivé programové dokumenty. Hierarchicky jim je nadřazena a tyto programy z ní svým zaměřením a obsahem vycházejí. Detailní informace týkající se programů však v Dohodě o partnerství nejsou obsaženy, tento dokument se pohybuje na více obecné rovině. Dílčí záležitosti spojené s budoucím fungováním jednotlivých programů jsou obsaženy v samotných programových dokumentech.
Pod vedením MMR byla Dohoda o partnerství připravována v rámci širokého partnerství, které zahrnovalo zástupce Evropské komise, ostatních resortů, regionálních i místních samospráv, zaměstnavatelských i zaměstnaneckých svazů, neziskového sektoru, akademické sféry a mnohé další. Dohoda o partnerství je tedy dokument založený na široké shodě všech zainteresovaných aktérů v České republice. Právě na tento aspekt kladlo MMR během celé doby přípravy maximální důraz. Cílem MMR bylo zpracování klíčového strategického dokumentu v takové podobě, s kterou se budou identifikovat všichni zapojení partneři v České republice. Jen takovýto dokument může být kvalitním základním stavebním kamenem pro úspěšné čerpání finančních prostředků z ESI fondů v programovém období 2014–2020.
Dohoda o partnerství byla definitivně schválena Evropskou komisí dne 26. srpna 2014, čímž byl ukončen téměř tříletý proces tvorby a vyjednávání tohoto dokumentu.
Dne 24. dubna 2020 byla Evropskou komisí schválena šestá revize (aktualizace) Dohody o partnerství. Tato revize v sobě obsahuje relevantní změny vyplývající z revizí operačních programů schválených Evropskou komisí v průběhu roku 2019. Změny v textu se týkají aktualizace hlavních očekávaných výsledků v rámci tematických cílů (TC) 4, 6 a 7. Hlavní změnou je převedení očekávaných výsledků týkajících se aktivit udržitelné městské mobility (financované v rámci specifického cíle 1.2 v IROP) z TC 7 do TC 4. Dále pak vytvoření nového očekávaného výsledku v rámci TC 6 v návaznosti na vytvoření nového specifického cíle 2.4 v OP ŽP zaměřeného na snížení emisí stacionárních zdrojů v uhelných regionech. Na to navázala drobná změna v popisu OP Životní prostředí. Další revize se týkají již jen dílčích změn několika finančních tabulek. Konkrétně se jedná o aktualizaci rozdělení alokace na tematické cíle, rozdělení alokace na operační programy a dále celkové výše podpory pro cíl Klimatická změna. Podrobný popis a zdůvodnění 6. revize je uveden v přiloženém stejnojmenném dokumentu.
Dne 29. dubna 2019 byla Evropskou komisí schválena pátá revize (aktualizace) Dohody o partnerství. Kromě jedné textové úpravy spočívající v rozšíření výčtu aktivit u potřeby rozvoje „Zvyšování podílu obnovitelných zdrojů energie“ se revize týká dílčích změn několika finančních tabulek. Konkrétně se jedná o aktualizaci rozdělení alokace na tematické cíle, na technickou pomoc, na operační programy a dále celkové výše podpory pro cíl Klimatická změna. Podrobný popis a zdůvodnění 5. revize je uveden v přiloženém stejnojmenném dokumentu.
Dne 15. března 2018 byla Evropskou komisí schválena čtvrtá revize (aktualizace) Dohody o partnerství. Tato revize spočívá především v odstranění očekávaného výsledku v oblasti rozvoje vnitrozemských vodních cest sítě TEN-T, v rozšíření zaměření očekávaného výsledku v oblasti rovného přístupu ke kvalitní vzdělávací infrastruktuře o infrastrukturu pro studijní programy zaměřené na výzkum, v aktualizaci textů týkajících se vnitrozemské vodní dopravy a energetického využívání odpadů, dále v zavedení podpory z Iniciativy pro zaměstnanost mládeže pro Moravskoslezský kraj, v aktualizaci národního institucionálního rámce pro rovnost mužů a žen a nediskriminace, v aktualizaci informací o komplementaritě mezi ESIF a novým programem Clean Sky 2 v rámci programu Horizont 2020 a doplnění informace o splnění předběžných podmínek. Došlo rovněž ke změnách v alokaci na tematické cíle 4, 7, 10 a 11 a k navýšení alokace v oblasti ochrany klimatu. Podrobný popis a zdůvodnění 4. revize je uveden v přiloženém stejnojmenném dokumentu.
Dne 19. září 2017 byla Evropskou komisí schválena třetí revize (aktualizace) Dohody o partnerství. V rámci revize tzv. Víceletého finančního rámce došlo ze strany Evropské komise ke snížení alokace kohezní politiky pro Českou republiku (ČR) o 115 mil. EUR, tj. 0,5 % celkové původní alokace pro kohezní politiku v České republice pro období 2014–2020. Snížení alokace je dána zvyšováním vyspělosti České republiky a jejích regionů, proto je nezbytné vnímat tuto situaci v kontextu růstu a rozvoje české ekonomiky a pozitivních dopadů a hmatatelných výsledků dosavadních intervencí v rámci kohezní politiky v České republice. Toto snížení se týkalo Fondu soudržnosti pro období 2017–2020 a promítlo se do snížení alokace OP Doprava (o 62 236 804 EUR), OP Životní prostředí (38 742 823 EUR) a OP Technická pomoc (o 14 000 000 EUR). Tyto změny měly dopad na finanční tabulky obsažené v Dohodě o partnerství – alokace na tematické cíle, výše podpory EU na Cíl Klimatická změna, alokace na technickou pomoc, alokace na jednotlivé operační programy a alokace na výkonnostní rezervu.
Dne 14. prosince 2016 byla Evropskou komisí schválena druhá revize (aktualizace) Dohody o partnerství. Tato revize byla vyvolána realokací ve výši 2 mld. Kč z Operačního programu Doprava do Operačního programu Životní prostředí (viz usnesení vlády ČR ze dne 20. července 2016 č. 650). Dále pak již v první polovině roku 2016 schválenou revizí Programu rozvoje venkova. Druhá revize Dohody o partnerství se týkala pouze vybraných finančních tabulek obsažených v dokumentu. V rámci principu partnerství byla 2. revize Dohody o partnerství projednána s relevantními partnery a Radou pro ESI fondy.
Dohodu o partnerství bude možno na základě potřeb a vývoje aktualizovat. Dne 13. dubna 2016 byla Evropskou komisí schválena první revize (aktualizace) Dohody o partnerství. Má podobu technické revize, ke které bylo na základě domluvy mezi Českou republikou a Evropskou komisí potřeba přistoupit vzhledem k pozdějšímu schválení jednotlivých programů pro programové období 2014–2020. Poslední program byl schválen v červnu 2015, přičemž Dohoda o partnerství byla schválena již v srpnu 2014. Hlavním smyslem technické revize bylo uvést Dohodu o partnerství do vzájemné shody s programovými dokumenty. Dle ujednání mezi zástupci České republiky a Komise se technická revize netýkala části 2.3 Hodnocení naplňování předběžných podmínek a přílohy 5.1 Hodnocení naplňování předběžných podmínek. V rámci principu partnerství byla technická revize Dohody o partnerství projednána s relevantními partnery a Radou pro ESI fondy. Technickou revizi Dohody o partnerství projednala dne 20. listopadu 2015 vláda České republiky v režimu pro informaci. Poté byla předložena Evropské komisi ke schválení.