Metodický pokyn pro je závazný pro všechny programy v rámci ESI fondů, které jsou zastřešeny Dohodou o partnerství a jejichž řídicí orgán je v kompetenci ČR, s výjimkou programů Evropské územní spolupráce a ustanovení, která jsou v tomto pokynu výslovně uváděna jako doporučující. Metodický pokyn byl vydán Ministerstvem pro místní rozvoj ČR dne 15. ledna 2014 na základě usnesení vlády ČR č. 44/2014 a nabývá účinnosti od 1. dubna 2014.
K 17. březnu 2014 byla vydána aktualizovaná verze metodického pokynu, která nabývá účinnosti od 1. dubna 2014. Aktualizace spočívala v úpravě názvů a označení článků příslušných nařízení EU v návaznosti na jejich schválení dne 17. prosince 2013 (nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 1299/2013 – č. 1306/2013).
Další aktualizovaná verze, tj. verze 3 metodického pokynu byla vydána ke dni 8. 1. 2015 s tím, že nabývá účinnosti k 1. 2. 2015. Provedená aktualizace spočívala kromě formálních úprav a drobných upřesnění textu zejména v revizích kapitoly 7.7 Povinné prvky na povinných a nepovinných nástrojích, která upravuje používání log a dalších náležitostí povinné publicity, a kapitoly 7.8 Sankce, která upravuje pravidla při jejich porušení. Obě tyto kapitoly byly zrevidovány na základě Prováděcího nařízení Komise (EU) č. 821/2014 z července roku 2014. Do vydání tohoto nařízení byly obě kapitoly pouze doporučující, touto revizí se staly závaznými.
Další aktualizovaná verze metodického pokynu byla vydána ke dni 15. 10. 2015 s tím, že nabývá účinnosti k 1. 1. 2016. Aktualizace zahrnovala odstranění vybraných kapitol (definice pojmů, právní základ, seznam zkratek), změnu závaznosti metodického pokynu pro Program rozvoje venkova, odstranění nepřesností v kapitole 7.5 u povinnosti umisťovat plakát A3 a upravení závaznosti Manuálu jednotného vizuálního stylu.
K metodickému pokynu bylo dne 4. 4. 2016 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 1 ve věci úpravy Tabulky č. 3 v kapitole 5.8 - Sankce u povinných nástrojů.
Další aktualizovaná verze metodického pokynu byla vydána ke dni 20. 12. 2016 s tím, že nabývá účinnosti k 1. 3. 2017. Aktualizace spočívala v přidání nové subkapitoly 4.2, která se zabývá nominací informačních a komunikačních úředníků na úrovni jednotlivých programů, úpravě specifikace a termínů zasílání ročních komunikačních plánů k vyjádření NOK a zasílání vyjádření NOK k ročním komunikačním plánům, úpravě terminologie související se Seznamem operací a úpravě údajů, které jsou uveřejňovány nad rámec Obecného nařízení, úpravě specifikace informování o finanční podpoře ze strany Unie na plakátu A3, úpravě specifikace povinnosti umísťovat plakát A3, v přidání loga ESI fondů mezi povolená loga, v odstranění bodu č. 10, který nebyl v souladu s novým výkladem formulace v Obecném nařízení a v úpravě a sladění Tabulky č. 3 – Sankce u povinných nástrojů s kapitolou 5.5.
K metodickému pokynu bylo dne 19. 3. 2019 s účinností od 1. 4. 2019 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 2 ke kapitole 5.5 Základní povinnosti příjemců ve věci úpravy povinných nástrojů.
V souvislosti s investičním nástrojem REACT-EU bylo dne 23. srpna 2021 k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 3 ke kapitole 5.5 Základní povinnosti příjemců ve věci úpravy těchto základních povinností. Metodické stanovisko bylo vydáno s okamžitou účinností.