Nejdůležitější výstupy NOK, které naplňují jeho funkci v oblasti metodického řízení, tvoří:
- Metodické dokumenty, jejichž jednotlivé typy se liší svou závazností (pokyny x doporučení). Závaznost daného metodického dokumentu je vždy specifikována v jeho úvodu či příslušné kapitole.
- Metodické pokyny vydané rozhodnutím Vlády ČR – Dokumenty, které metodicky upravují nejvýznamnější oblasti implementace. Jsou vydané rozhodnutím Vlády ČR.
- Metodické pokyny – Dokumenty, které metodicky upravují významné oblasti implementace.
- Metodická doporučení – Dokumenty uvádějící doporučené postupy ve specifických otázkách implementace.
- Specializované workshopy a semináře především v případě nezavedených resp. novátorských aspektů implementace.
- Stanoviska MMR-NOK v případě velmi konkrétních aspektů implementace.